همچنین طی مصوبه شورایعالی اداری در 3 تیر 1381 وظایف مربوط به آبخیزداری از وزارت جهاد کشاورزی منفک و به سازمان جنگل‌ها و مراتع کشور واگذار شد و عنوان این سازمان به سازمان جنگل‌ها، مراتع و آبخیزداری تغییر یافت.


تشکیل حوزه نمایندگی ولی فقیه و یگان حفاظت
سازمان در سال 1384 شاهد شروع بکار دو واحد مهم بود. یکی آغاز فعالیت یگان حفاظت که مجوز تأسیس آن در سال 1382 صادر شده بود و دیگری تأسیس "حوزه نمایندگی ولی‌فقیه" که تحت نظر دفتر نمایندگی ولی فقیه در وزارت جهاد کشاورزی فعالیت خود را شروع کرد.