در سال 1366 عنوان سرجنگلداری کل در استان‌ها به اداره کل منابع طبیعی تغییر یافت. همچنین اولین شماره مجله جنگل و مرتع در سال 1367 توسط سازمان انتشار یافت.
بر اساس ماده واحده قانون تفکیک وظایف وزارتخانه‌های کشاورزی و جهاد سازندگی مصوب 11/6/69 کلیه امور مربوط به حفظ، احیاء، گسترش و بهره‌برداری از منابع طبیعی(جنگل، مرتع و شیلات، آبخیزداری)، کلیه امور دام و طیور و عمران روستایی، بهسازی، صنایع روستائی و آبرسانی روستاها بر عهده جهاد سازندگی قرار گرفته و بر اساس تبصره 1 ماده واحده مذکور، موسسات و شرکت‌های تابعه و وابسته نیز بر اساس تفکیک وظایف فوق وابسته و تابع وزارتخانه‌های مزبور شدند. بدین ترتیب سازمان جنگل‌ها و مراتع در زیر مجموعه وزارت جهاد سازندگی قرار گرفت. این سازمان دارای شخصیت حقوقی و ذیحسابی مستقل و رئیس سازمان سمت معاونت وزارت جهاد سازندگی را دارا بود.

تشکیل وزارت جهاد کشاورزی
در سال 1379 وزارتخانه‌های جهاد سازندگی و کشاورزی ادغام و وزارت جهاد کشاورزی را تشکیل دادند. بدین ترتیب رییس سازمان جنگل‌ها و مراتع کشور سمت معاون وزیر جهاد کشاورزی را عهده‌دار شد.